En genética hay otro concepto fundamental denominado penetrancia. Los gisantes del huerto de Mendel tenían unos genes con penetrancia completa, por tanto un alelo dominante siempre se expresaba fenotípicamente, y siempre igual. Un gen era igual a una sóla expresión fenotípica. Por lo tanto, sólo había tantos rasgos fenotípicos como alelos diferentes, y tampoco aceptan genes codominantes.
La genética mendeliana sigue siendo válida, pero sólo para las herencias que cumplan sus requisitos. Esta herencia es la base de la genética, pero después la cosa se complica con las penetrancias incompletas.
Otros rasgos heredables como el color de los ojos no se explican satisfactoriamente sólo con el concepto dominante/recesivo o autosómico/ligado al sexo. Ni tampoco asumiendo que son varios los genes. Teniendo varios genes pero con penetrancia variable, se vuelve muy difícil el predecir con precisión la heredabilidad de los rasgos.

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